Zur Handlung:
Im Jahr 2552 attackiert die außerirdische Allianz einen Außenposten der menschlichen Rebellen auf dem Planeten Madrigal und richtet ein Massaker an, bei dem alle Bewohner bis auf die Teenagerin Kwan Ha getötet werden. Die Spartan-Einheit Silver Team interveniert rechtzeitig. Innerhalb eines nahe gelegenen Höhlensystems stößt der Master Chief Petty Officer John-117 auf ein Blutsväter-Artefakt, das auf seine Berührung reagiert, geheimnisvolle Symbole offenbart und einige seiner verschlossenen Kindheitserinnerungen freigibt. Ein überlebender Elite der Allianz wird Zeuge dieses Ereignisses und meldet es dem Propheten der Gnade in der Allianz Hauptstadt High Charity.
Auf dem Planeten Reach gerät Dr. Catherine Halsey derweil mit Admiral Parangosky aufgrund ihrer Methoden zur Erschaffung einer bahnbrechenden neuen KI aneinander. Nachdem Kwan sich weigert, mit dem UNSC (United Nations Space Command) zusammenzuarbeiten, erhält John den Befehl, sie hinzurichten. John steht vor der schwerwiegenden Entscheidung, ob er blind den Anweisungen folgt.